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Science:人为智能成功预测了蛋白质的相互作用


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图像:分歧色彩的酵母蛋白以二元、三元、四元和五元的大局组合在一路,,,,,就像3D拼图一样执行细胞职能。。。。。。。西南德克萨斯大学和华盛顿大学的钻研人员辅导的一个国际团队使用人为智能技术预测了这些结构。。。。。。。

起源:德克萨斯大学西南医学中心

乐投letou生物报路:德克萨斯大学西南分校和华盛顿大学的钻研人员辅导了一个国际团队,,,,,使用人为智能(AI)和进化分析来造作真核蛋白质相互作用的3D模型。。。。。。。这项颁发在《科学》(Science)杂志上的钻研初次确定了100多个可能的蛋白质复合物,,,,,并为700多个此前未鉴定的复合物提供了结构模型。。。。。。。对一对对或一组蛋白质组合在一路进行细胞过程的深刻相识,,,,,可能会带来大量新的药物靶点。。。。。。。

“乐投letou了局代表了结构生物学新时期的沉猛进展,,,,,推算在其中起着基础性作用,,,,,”得克萨斯大学西南医学中心生物医学信息学专家Qian Cong说。。。。。。。

在她被德克萨斯西南大学登科之前,,,,,Qian Cong博士与David Baker博士共同辅导了这项钻延祝。。。。。。David Baker博士是生物化学教授,,,,,也是Qian Cong博士在华盛顿大学的博士后导师。。。。。。。这项钻研有四位共同牵头作者,,,,,蕴含德克萨斯大学西南推算生物学家裴继民博士。。。。。。。

Qian Cong博士诠释说,,,,,蛋白质通常成对或成对地运作,,,,,被称为复合物,,,,,以实现维持生物体存活所需的每一项工作。。。。。。。固然这些相互作用中的一些已经得到了很好的钻研,,,,,但很多依然是一个谜。。。。。。。构建全面的相互作用-或描述细胞中齐全的分子相互作用-将说明生物学的很多根基方面,,,,,并为钻研人员开发激励或阻止这些相互作用的药物提供一个新的起点。。。。。。。Qian Cong博士工作于结合生物信息学和生物学的交互组学这一新兴领域。。。。。。。

直到最近,,,,,构建相互作用体的一个重要阻碍是很多蛋白质结构的不确定性,,,,,半个世纪以来,,,,,科学家一向在试图解决这个问题。。。。。。。2020年和2021年,,,,,DeepMind公司和贝克博士的尝试室别离颁布了两项人为智能技术,,,,,即AlphaFold (AF)和RoseTTAFold (RF)。。。。。。。这两项技术使用分歧的战术,,,,,凭据产生蛋白质的基因序列预测蛋白质结构。。。。。。。

在目前的钻研中,,,,,Cong博士、Baker博士和他们的同事们通过对很多酵母蛋白复合物建模,,,,,扩大了这些人为智能结构预测工具。。。。。。。酵母是基础生物学钻研中常见的模式生物。。。。。。。为了找到可能相互作用的蛋白质,,,,,科学家们首先在有关真菌的基因组中寻找以一种互有关联的方式获得突变的基因。。。。。。。而后,,,,,他们使用这两种人为智能技术来确定这些蛋白质是否能够以3D结构组合在一路。。。。。。。

他们的工作确定了1505个可能的蛋白质复合物。。。。。。。其中699个已经进行了结构表征,,,,,验证了他们步骤的实用性。。。。。。。然而,,,,,只有有限的尝试数据支持700种预测的相互作用,,,,,另表106种从未被描述过。。。。。。。

为了更好地相识这些特点不显著或未知的复合物,,,,,华盛顿大学和德克萨斯大学西南分校的团队与世界各地已经在钻研这些或类似蛋白质的同事合作。。。。。。。通过将当前钻研中的科学家们所天生的3D模型与来自合作者的信息相结合,,,,,钻研幼组可能对涉及遗传信息的守护和处置、细胞构建和运输系统、新陈代谢、DNA建复等领域的蛋白质复合物获得新的见解。。。。。。。他们还凭据新发现的与其他特点明确的蛋白质的相互作用,,,,,确定了以前职能未知的蛋白质的作用。。。。。。。

“我们在新论文中描述的工作为人类相互作用的类似钻研奠定了基础。。。。。。,,,,最终可能有助于开发人类疾病的新疗法,,,,,”Cong博士补充说。。。。。。。

Qian Cong博士指出,,,,,在这项钻研中天生的预测蛋白复杂结构能够从ModelArchive下载。。。。。。。她说,,,,,在将来的钻研中,,,,,这些结构和其他使用这种技术天生的结构将是将来几年钻研问题的丰硕起源。。。。。。。

Cong博士是西南医学基金会生物医学钻研学者。。。。。。。其他参加这项钻研的UTSW钻研人员蕴含Jing Zhang和Josep Rizo博士(Virginia Lazenby O’hara生物化学教授)。。。。。。。

合作机构蕴含:哈佛大学、韦恩州立大学、康奈尔大学分子生物学MRC尝试室、留想斯隆·凯特琳癌症中心、格斯特纳斯隆·凯特琳生物医学科学钻研生院、弗雷德·哈钦森癌症钻研中心、哥伦比亚大学、Würzburg德国大学、圣犹大儿童钻研医院、意大利米兰的FIRC分子肿瘤学钻研所和意大利罗马的分子遗传学钻研所的国度钻研委员会。。。。。。。

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