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Science:中表学者合作揭示植物TNL类抗病蛋白激活的分子机造


乐投letou生物报路:清华大学性命学院柴继杰课题组和德国马克斯-普朗克植物育种钻研所的Jane Parker课题组、Paul Schulze-Lefert课题组合作,,, ,,近日发文初次报路了植物TNL类抗病蛋白RPP1直接鉴别并结合效应蛋白ATR1、形成抗病幼体并作为全酶催化NAD+水解的分子机造。。。。。。。该钻研推进了TNL下游免疫通路信号传递机造的钻研,,, ,,为理解植物TNL类抗病蛋白活化机造提供了范式。。。。。。。更沉要的是,,, ,,该钻研将为抗病作物的育种钻研提供理论基础和直接模型,,, ,,有望削减农业上化学农药的使用。。。。。。。

该钻研于2020年12月4日以钻研长文的大局在《科学》上在线颁发,,, ,,题为“病原微生物直接诱导NLR免疫受体复合物组装形玉成酶”(Direct pathogen-induced assembly of an NLR immune receptor complex to form a holoenzyme)。。。。。。。此表,,, ,,《科学》同期还配发了题为“免疫受体形成酶”(Enzyme formation by immune receptors)的评论文章。。。。。。。

柴继杰课题组一向致力于NLR家族受体的作用机造。。。。。。。继此前揭示了CNL类受体ZAR1的自抑造与活化机造后,,, ,,这次又初次报路了TNL受体RPP1配体鉴别以及活化的分子机造。。。。。。。作为植物两大类NLR受体CNL和TNL的代表,,, ,,ZAR1与RPP1的钻研成就是植物抗病蛋白钻研领域数十年来一向等待的沉大突破。。。。。。。

植物在与病原微生物持久共同进化的过程中逐步进化出先天免疫机造,,, ,,用来抵抗病原微生物的侵害。。。。。。。其中一类沉要组成部门是效应蛋白引起的先天免疫(Effector-Triggered-Immunity,,, ,,ETI)。。。。。。。NLR(Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat containing receptor)是调节ETI的一类重要受体蛋白。。。。。。。凭据其N端结构域的分歧,,, ,,NLR重要分为两类:CNL(CC-NB-LRR)和TNL(TIR-NB-LRR)。。。。。。。这两类受体蛋白都能够直接或者间接地鉴别病原菌效应蛋白进而引起ETI。。。。。。。柴继杰尝试室去年的钻研成就批注,,, ,,CNL例如来自拟南芥的CNL抗病蛋白ZAR1,,, ,,鉴别效应蛋白后能够形成抗病幼体(Resistosome)。。。。。。。ZAR1抗病幼体可能作为离子通路或者转运通路引起ETI。。。。。。。相比CNL,,, ,,TNL的作用机造更为复杂。。。。。。。TNL的N端TIR结构域拥有NAD+水解酶活性(NADase)。。。。。。。该活性被以为用以产生第二信使信号,,, ,,激活下游的EDS1、NRG1等免疫通路。。。。。。。目前对于TNL信号传导还有好多问题有待回覆。。。。。。。例如TNL若何鉴别效应蛋白? ???? ?TNL是否能够形成抗病幼体? ???? ?鉴别效应蛋白对TIR的NAD+水解活性是否有调节作用? ???? ?

拟南芥的RPP1是TNL类抗病蛋白的典型代表,,, ,,重要由N端的TIR结构域、中央的NOD(Nucleotide binding oligomerization domain)结构域以及C端的亮氨酸沉复(Leucine rich repeat,,, ,,LRR)结构域组成。。。。。。。ATR1是植物病原菌Hyaloperonospora arabidopsis排泄的一类效应蛋白,,, ,,在病原菌侵染植物叶片的过程平排泄到植物叶片内,,, ,,被拟南芥的RPP1鉴别后,,, ,,能够引起ETI。。。。。。。

ATR1诱导RPP1抗病幼体的形成

该钻研利用杆状病毒表白系统在虫豸(Spodoptera frugiperda)细胞里沉组共表白了TNL类抗病蛋白RPP1与其效应蛋白ATR1,,, ,,通过串联纯化的步骤得到了高纯度的激活状态RPP1-ATR1复合物,,, ,,定名为RPP1抗病幼体(RPP1 resistosome)。。。。。。。通过冷冻电镜单颗粒沉构技术,,, ,,成功解析了RPP1结合ATR1形成四聚体激活状态的冷冻电镜结构,,, ,,分辨率为3.16 ?,,, ,,并结合遗传学和生物化学的伎俩进一步阐释了它阐扬职能的具体机造。。。。。。。

RPP1直接鉴别ATR1的结构基础

电镜结构显示RPP1的LRR结构域直接参加ATR1的结合。。。。。。。除此之表,,, ,,结构比力发现RPP1的C结尾有一个新的结构域C-JID(C-terminal jell roll and Ig-like domain)也直接参加ATR1的直接鉴别。。。。。。。进一步分析批注,,, ,,C-JID险些存在于所有的TNL中,,, ,,暗示该结构域可能对TNL鉴别配体拥有广谱作用。。。。。。。RPP1鉴别ATR1引起自身构象变动,,, ,,从而解除分子内自抑造,,, ,,形成四聚体的激活状态。。。。。。。该结构为NLR直接鉴别效应蛋白的假说提供了有力证据。。。。。。。

RPP1抗病幼体作为全酶催化NAD+的水解

生化分析批注RPP1抗病幼体的形成能够极大地推进NAD+水解活性,,, ,,并且二价金属离子如镁离子以及钙离子能够进一步推进该活性。。。。。。。结构分析显示了RPP1抗病幼体作为一个全酶催化NAD+水解的机造。。。。。。。有别于其它C4对称性的结构域,,, ,,抗病幼体中的4个TIR结构域选取C2对称性,,, ,,即两个TIR结构域通过类平移对称形成头对尾的二聚体,,, ,,在此基础上两个二聚体再通过C2对称形成四聚体。。。。。。。多方面证据支持RPP1抗病幼体中的两个头对尾的二聚TIR作为齐全的NADase催化NAD+水解。。。。。。。首先,,, ,,一个ATP分子结合在一个头对尾的二聚TIR中;;;;;其次,,, ,,结构比力显示该ATP分子与TIR的另表一种底物NADP+拥有类似的结合位点;;;;;最后,,, ,,BB-loop对于形成头对尾的TIR二聚体拥有沉要作用,,, ,,而突变该loop上的关键氨基酸极大降低RPP1抗病幼体的NAD+水解活性以及ATR1诱导的ETI活性。。。。。。。

RPP1抗病幼体结合ADP,,, ,,而非ATP/dATP

关于NLR受体活化,,, ,,目前一个普遍被接受的概想是配体结合后推进ATP/dATP互换抑造态中的ADP分子(结合于NOD结构域),,, ,,从而引起NLR的寡聚化。。。。。。。然而令人吃惊的是,,, ,,RPP1抗病幼体的NOD结构域结合的是ADP,,, ,,而非ZAR1抗病幼体中的ATP/dATP。。。。。。。蛋白质序列分析批注,,, ,,ZAR1利用CNL高度守旧 “TTR” 基序中的R(精氨酸)与ATP/dATP的γ-磷酸基联结合,,, ,,从而不变其激活构象。。。。。。。生化以及遗传数据批注该精氨酸对ZAR1抗病幼体职能拥有关键作用。。。。。。。但是该基序中R在RPP1以及其它好多TNL产生了突变,,, ,,这些突变是否暗示这一类TNL活化时都结合ADP ? ???? ?以及它们选择结合ADP而非ATP/dATP的生物学意思尚不明显,,, ,,值得将来进一步钻延祝。。。。。。

清华大学性命学院13级博士钻研生马守偲、德国马克斯-普朗克植物育种钻研所博士后Dmitry Lapin、刘莉,,, ,,清华大学性命学院18级博士钻研生孙玥和德国科隆大学博士后宋文为本文的共同第一作者。。。。。。。清华大学性命学院柴继杰教授、德国马克斯-普朗克植物育种钻研所的Jane Parker教授和Paul Schulze-Lefert教授为本文共同通讯作者。。。。。。。北京结构生物学高精尖创新中心已出站博士后张晓骁,,, ,,德国马克斯-普朗克植物育种钻研所的Elke Logemann、于东立,,, ,,德国科隆大学的Jan Jirschitzka,,, ,,清华大学性命学院副钻研员王家、韩志富也参加了本项钻延祝。。。。。。电镜数据在清华大学冷冻电镜平台网络。。。。。。。本钻研得到了国度天然科学基金、北京结构生物学高精尖创新中心、清华-北大性命科学结合中心、德国洪堡基金会和德国科学基金会的经费支持。。。。。。。

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