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武大生科院Nature子刊:精密解析亚洲棉基因组转录全景


丽江乐投letou生物报路:棉花是一种沉要的天然纤维作物,,,,,,,也是钻研细胞分化、伸长和细胞壁发育调控的沉要模式植物,,,,,,,但不足全面、高分辨率的基因图谱,,,,,,,棉花转录组的不齐全性故障了各类生物过程分子机造的钻延祝。。 。。

近期,,,,,,,来自武汉大学性命科学学院的钻研人员颁发了题为“Multi-strategic RNA-seq analysis reveals a high-resolution transcriptional landscape in cotton”的文章,,,,,,,通过多RNA组学战术精密解析了亚洲棉基因组转录全景,,,,,,,这是迄今为止科学家对亚洲棉基因组的复杂转录所进行的最正确的注解。。。 。。

这一钻研发现颁布在Nature Communications杂志上,,,,,,,文章的通讯作者为武汉大学性命科学学院朱玉贤院士和周宇教授。。。 。。

亚洲棉(G. aboreum)是此刻全世界宽泛种植的栽培棉种-陆地棉祖先基因组供体种之一,,,,,,,其基因组由1.7G碱基对组成。。。 。。

在这篇文章中,,,,,,,钻研人员通过系统地、全方位地转录分析阐释亚洲棉基因组,,,,,,,添补了国际上棉花基因组精密转录注解的空缺,,,,,,,获得了迄今为止科学家对亚洲棉基因组的复杂转录全貌所进行的最正确的注解,,,,,,,为进一步的职能基因组钻研提供了贵重的资源。。。 。。

在钻研中,,,,,,,团队引入并整合使用了四种高通量技术,,,,,,,蕴含Pacbio long reads Iso-seq、strand-specific RNA-seq、CAGE-seq和PolyA-seq,,,,,,,系统地索求了亚洲棉的16种组织或分歧器官类型的精密转录组;;;;;;;初创开发使用了集成注解工具IGIA,,,,,,,从整合的数据中沉建棉花基因组精确的基因结构和转录本异构体。。。 。。

课题组在钻研中还发现棉花基因组中存在高度动态的转录调控,,,,,,,如可变启动子和终止子调节、微表显子剪接、多顺反子转录通读和RNA选择性剪接热区等复杂景象。。。 。? ?? ????翁庾榻徊窖橹ず吞剿髁嗽谘侵廾藁蜃橹兴⑾值恼庖焕嘈孪实幕虻骺鼐跋蟮姆肿踊旌涂赡艿纳镅е澳堋!。 。。

此表,,,,,,,通过与已经颁发的有关棉花沉要农艺性状的遗传位点(GWAS和其他SNP)的比对分析发现,,,,,,,大量位点位于基因的非翻译区、RNA加工元件等区域。。。 。。因而该项钻研获得的沉要发现对将来棉花职能基因组学的进一步发展意思沉大。。。 。。

这项钻研是朱玉贤课题组继雷蒙德氏棉基因组(Wang et al., 2012, Nature Genetics),,,,,,,亚洲棉基因组(Li et al., 2014, Nature Genetics; Du et al., 2018, Nature Genetics)和陆地棉基因组(Li et al. 2015, Nature Biotechnology)的组装和解析之后在棉花组学钻研方面的又一沉要突破。。。 。。

原文标题:

Multi-strategic RNA-seq analysis reveals a high-resolution transcriptional landscape in cotton

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