丽江乐投letou生物报路：华中农业大学信息学院、生物医学与健全学院龚静教授钻研团队在《Nucleic Acids Research》（IF：11.1）杂志先后颁发题为“ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types”和“SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers”等2篇文章。。。。。。。。

系列文章对多种癌症中遗传变异的职能进行深刻分析，，，，，发现了大量可调控ncRNA和可选择性多聚腺苷酸化（APA）的遗传变异位点，，，，，构建了在线数据库，，，，，方便其他钻研者使用。。。。。。。。

钻研批注，，，，，非编码RNA（ncRNA）在生物学过程中拥有沉要职能，，，，，一些遗传变异（SNP）可通过影响ncRNA表白而导致疾病。。。。。。。。目前固然有一些ncRNA得到深刻钻研，，，，，但绝大无数ncRNA的职能仍有待解析。。。。。。。。

在该钻研中，，，，，钻研团队基于TCGA的癌症多组学数据和全基因组关联分析（GWAS）数据，，，，，开发了新的生物信息推算步骤，，，，，系统鉴定了能影响ncRNA（蕴含lncRNA和miRNA）的表白数量性状基因座(ncRNA-eQTL)，，，，，并进一步整合了GWAS数据和临床信息，，，，，鉴定了与GWAS表型或临床信息有关的ncRNA-eQTL，，，，，并搭建了ncRNA-eQTL的数据平台。。。。。。。。用户可通过ncRNA-eQTL数据库查问和下载所有ncRNA-eQTL了局，，，，，蕴含分歧癌症类型的顺式和反式ncRNA-eQTL、患者存活功夫有关的ncRNA-eQTL，，，，，GWAS 有关的ncRNA-eQTL。。。。。。。。

此表，，，，，该平台提供批量查问职能，，，，，可跨癌症类型比力多个职能性ncRNA-eQTL或基因。。。。。。。。该平台为索求SNP、非编码RNA和癌症表型之间的关联及其潜在的生物学机造提供极风雅便。。。。。。。。

钻研了局批注，，，，，可选择性多聚腺苷酸化（APA）可通过鉴别转录本上分歧的PolyA加尾信号，，，，，使转录本拥有分歧长度的3’端非翻译区（3’UTR），，，，，从而影响其生物学职能。。。。。。。。SNP是人类遗传变异的最常见类型，，，，，在人类复杂性状和疾病中阐扬沉要作用。。。。。。。。

最近发现，，，，，一些遗传变异可造成APA职能失调，，，，，APA也与癌症的产生发展亲昵有关。。。。。。。。钻研团队利用公共数据库多种癌症样本的基因型数据和APA数据，，，，，通过生物信息学步骤系统鉴定了影响APA事务的遗传变异（apaQTL），，，，，并凭据基因调控方式界说了顺式和反式apaQTL。。。。。。。。在进一步整合GWAS数据后，，，，，鉴定了落在GWAS区域的tag SNP及其连锁不平衡LD区域中的apaQTL，，，，，并利用样本的临床信息鉴定预后有关的apaQTL。。。。。。。。

钻研团队搭建了SNP2APA数据库展示这些了局，，，，，同时设计了软件在线预测SNP对多聚腺苷酸化信号的影响。。。。。。。。该数据库将成为APA和SNP等钻研领域的沉要资源。。。。。。。。

原文标题：

ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types”和“SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers

SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers