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NAR:辅助piRNA职能钻研的数据库——piRBase


丽江乐投letou生物报路:piRNA (PIWI-interacting RNAs) 是一类长度约为24~31 nt的非编码幼RNA,,,, ,通过特异性地与PIWI蛋白结合而阐扬生物学作用 。。。。。。piRNA重要在生殖细胞系中表白,,,, ,其数量多多,,,, ,因而引起了多多科研人员的宽泛关注 。。。。。。piRNA的发现为非编码幼RNA的钻研启发了一个新领域,,,, ,被Science评为2006年十大科技进展之一 。。。。。。

自piRNA被发现以来,,,, ,对其钻研进展迅速,,,, ,现已发显熹在生殖干细胞分化、胚胎发育、维持基因组齐全性、表观遗传学调控、异染色质的形成和物种的性别决定等方面起着沉要作用,,,, ,此表在抑造转座子转录和基因转录后调控中也表演沉要角色,,,, ,并且越来越多的钻研批注在癌症组织中piRNA的表白也不尽一样 。。。。。。

来自中科院生物物理所健全大数据钻研中心的钻研人员颁发了题为“piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences”的论文,,,, ,颁布了最新版的piRBase (piRBase release v2.0) 。。。。。。

piRBase是一个整合了分歧类型的piRNA数据来辅助piRNA职能钻研的数据库 。。。。。。该数据库对有关数据进行了网络、注解、可视化,,,, ,将有助于更好地钻研piRNA的职能 。。。。。。

这一钻研成就颁布在10月29日的Nucleic Acids Research上,,,, ,中国科学院生物物理钻研所陈润生院士、何顺民钻研员为本文共同通讯作者 。。。。。。中国科学院生物物理钻研所健全大数据钻研中心王佳佳、张鹏副钻研员和路一平为本文并列第一作者 。。。。。。

何顺民钻研员与其合作者在2014年颁布了piRBase数据库的第一个版本(Database (Oxford),,,, ,2014) 。。。。。。piRBases数据库是国际RNA联盟RNAcentral收录的唯逐一个piRNA专业数据库 。。。。。。之后,,,, ,他们又系统的发现了piRNA对编码基因的剪切调控作用(Cell Research,,,, ,2015),,,, ,并开发了piRNA靶基因预测算法(Bioinformatics,,,, , 2016) 。。。。。;;;;; ;;;谡庑┕ぷ鞒删停,,, ,这次piRBase升级既蕴含原有模?????樾率莸氖章迹,,, ,又涉及到新模?????榈脑龀ひ岳┐髉iRBase的综合性和全面性 。。。。。。

最新版piRBase中piRNA的数量达到了1.7亿多条,,,, ,覆盖了21个物种的264个数据集,,,, ,是目前数据量最大最全的piRNA数据库 。。。。。。鉴于piRNA的职能多样性,,,, ,piRBase凭据其起源将piRNA划分为沉复序列起源和基因起源两大类;;;;; ;;;在piRNA靶基因模?????橹谐嗽龀ち诵峦绲膒iRNA的靶基因,,,, ,他们还凭据自己研发的预测步骤对piRNA的靶lncRNA进行了预测并在piRBase中进行了收录展示为有关钻研人员提供靠得住的候选靶基因;;;;; ;;;piRBase进一步对piRNA有关的表观遗传数据进行了网络整顿旨在推动piRNA和表观遗传调控之间的钻研 。。。。。。

这次升级重要新增piRNA与癌症以及在线工具两个模????? 。。。。。。piRNA与癌症模?????槭章剂8种癌症中piRNA的表白情况来辅助癌症有关的钻研;;;;; ;;;这次更新还提供了多个在线工具可以为用户提供更好的履历 。。。。。。piRBase中所有有关数据都能够通过piRBase (http://regulatoryrna.org/database/piRNA/) 网站的UCSC genome browser进行可视化 。。。。。。

piRBase的这次更新工作重要由中国科学院生物物理钻研所健全大数据钻研中心(http://bigdata.ibp.ac.cn)实现 。。。。。。该钻研中心于2015年5月成立,,,, ,陈润生院士任中心主任,,,, ,何顺民钻研员任中心常务副主任 。。。。。。中心重要针对生物组学大数据进行整合挖掘分析钻研,,,, ,并辅以开发组学钻研分析的新技术,,,, ,力求打造萦绕国度精准医学和沉要战术生物资源的组学数据存储、利用和共享的公共技术支持系统 。。。。。。经过近三年运行,,,, ,中心发展迅速,,,, ,已实现测序平台、推算集群和数据存储平台、多组学性命数据分析平台和数据共享平台的建设 。。。。。。


原文标题:

piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences

https://doi.org/10.1093/nar/gky1043

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