丽江乐投letou生物报路:将化学探针与高通量测序相结合，，，，，就形成了一种矫捷的步骤能够揭示与细胞职能有关的RNA结构的作用机造。。。。。。？？？？？？？蒲Ъ颐茄∪「骼嗷秸，，，，，这些每种化学探针都能汇报RNA分子的分歧特点，，，，，通过通用的工具包就能够钻研体内和体表RNA结构以及与其他分子的相互作用了。。。。。。。Cell杂志“RNA Structure Probing Technologies”介绍了有关的钻研成就。。。。。。。

超活络RNA二级结构预测工具

RNA与DNA指挥性命体出产所需蛋白，，，，，DNA蕴含遗传信息，，，，，RNA将信息的编码指令传递给细胞内的蛋白质造作点。。。。。。。

DNA重要是齐全碱基配对的双螺旋结构，，，，，相对DNA二级结构，，，，，RNA序列形成的结构更复杂。。。。。。。RNA互补碱基对形成的守旧二级结构有时甚至比序列自身沉要。。。。。。。RNA二级结构类型蕴含单链RNA、配对的双链RNA螺旋、茎环或发卡、内饰环、突环和接触或多环等。。。。。。。现有的RNA二级结构预测工具不能正确地发现和描述假结（pseudoknot）、相吻发卡（kissing hairpin）和发卡-突环接触（hairpin）等结构。。。。。。。

这款名为“bpRNA”的软件是一款壮大的RNA二级结构的大数据注解工具。。。。。。。它能解析RNA结构，，，，，蕴含复杂的假节。。。。。。。所以你最终将得到一个客观的、精确的、容易理解的，，，，，以及蕴含所有茎、环和假结信息的描述，，，，，还能够得到每个结构的定位、序列和侧翼碱基对。。。。。。。它将方便大规模地钻研RNA结构。。。。。。。

RNA二级结构的新技术：SHAPE

RNA在生物学系统中有着举足轻沉的作用，，，，，它不仅将DNA的遗传信息传递给蛋白，，，，，还调控了各类生物学过程。。。。。。。单链RNA就像一条胶带，，，，，能够折叠起来通过碱基互补配对形成二级结构，，，，，这样的3D结构决定着RNA的职能。。。。。。。

用于结构分析的传统技术（好比X射线晶体衍射）通常比力麻烦，，，，，“并且一次只能用于一个RNA，，，，，”斯坦福大学的Howard Chang教授说。。。。。。。

为了同时钻研多个RNA的二级结构，，，，，人们想到用化学建饰来分辨未配对的核苷酸。。。。。。。通过RNA测序分析RNA的碱基建饰模式（即碱基配对状态），，，，，就能够知路RNA分子是若何折叠的。。。。。。。不外，，，，，这类全转录组分析技术还存在较大的局限：要么只能靶标四种核苷酸中的两个，，，，，要么只能用于体表钻研。。。。。。。

Chang教授及其同事初次开发了能够在活细胞中全面分析RNA二级结构的新技术，，，，，SHAPE（selective 2'-hydroxyl acylation and profiling experiment）。。。。。。。

SHAPE分析首先是用NAI-N3建饰未配对的核苷酸，，，，，而后让生物素与NAI-N3结合，，，，，通过链霉亲和素磁珠回收建饰过的RNA。。。。。。。将这些RNA切割成幼片段进行测序，，，，，能够揭示哪些核苷酸被建饰（也就是未配对），，，，，哪些核苷酸未被建饰（也就是配对或者结合蛋白）。。。。。。。

据介绍，，，，， SHAPE技术不仅能够在活细胞内建饰所有核苷酸，，，，，还能够富集被建饰的RNA，，，，，进一步提高信噪比。。。。。。。

原文标题：

SnapShot: RNA Structure Probing Technologies