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Nature:参加基因组编纂的蛋白质的3D结构


?Overall structure of TnpB-ωRNA-target DNA complex.    

图:TnpB选取由REC和NUC组成的双叶结构 。。。。 。REC蕴含WED和REC结构域,,,,,,而NUC蕴含RuvC和TNB结构域 。。。。 。TnpB在其编码区结尾与转座子序列转录的ωRNA组装 。。。。 。疏导RNA-靶标DNA异质双工结合在REC和NUC叶之间的沟槽上 。。。。 。

起源:Nakagawa et al 2023

基因编纂是生物学领域的最新突破之一 。。。。 。广为人知的CRISPR-Cas基因编纂系统为原核生物(不足细胞核的生物)提供了匹敌表源DNA的免疫力 。。。。 。自从发现CRISPR基因编纂技术以来,,,,,,科学家们揭示了CRISPR- cas蛋白质从其前体进化而来的过程 。。。。 。这些知识将援手他们开发其他用于基因医治的幼型新型基因组编纂工具 。。。。 。

在东京大学,,,,,,Osamu Nureki教授的团队致力于鉴别参加基因组编纂的蛋白质的结构和职能 。。。。 。在该团队最近的一项钻研中,,,,,,他们发现了一种名为TnpB的蛋白质的3D结构,,,,,,TnpB可能是CRISPR-Cas12酶的前体 。。。。 。他们的钻研了局颁发在《天然》杂志上 。。。。 。

先前的钻研批注,,,,,,TnpB蛋白可能像一把分子剪刀,,,,,,在一种叫做ωRNA的特殊非编码RNA的援手下切割DNA 。。。。 。但RNA疏导的DNA切割是若何工作的,,,,,,以及它与Cas12酶的进化关系尚不明显,,,,,,这促使Nureki尝试室进行了钻研 。。。。 。他们理解的第一步也是最关键的一步是揭示蛋白质的结构 。。。。 。

为了确定TnpB的三维结构,,,,,,钻研人员从一种叫做Deinococcus radiodurans的细菌中提取了TnpB蛋白质,,,,,,并使用了冷冻电子显微镜 。。。。 。在冷冻电子显微镜技术中,,,,,,使用液氮将蛋白质样本冷却到-196°C,,,,,,并用电子束照射,,,,,,揭示了蛋白质的3D结构 。。。。 。

钻研幼组发现TnpB中的ωRNA拥有怪异的伪结状态,,,,,,类似于Cas12酶的疏导RNA 。。。。 。钻研还揭示了TnpB若何鉴别ωRNA并切割指标DNA 。。。。 。当他们将这种蛋白质的结构与Cas12酶进行比力时,,,,,,他们相识到TnpB可能进化为CRISPR-Cas12酶的两种可能方式 。。。。 。

该钻研论文的第一作者之一Ryoya Nakagawa说:“乐投letou发现提供了对TnpB职能的机造见解,,,,,,并推动了我们对TnpB蛋白质到CRISPR-Cas12效应物进化的理解 。。。。 。”他补充说,,,,,,在将来,,,,,,“我们将索求基于tnpb的基因编纂技术的潜在利用 。。。。 。”

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