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Molecular Plant:鉴定植物中拥有相分离潜力的蛋白质


?丽江乐投letou生物报路:生物大分子凝聚体(Biomolecular condensates)是细胞内生物大分子(如蛋白质、核酸等)通过相分离(phase separation)形成的无膜细胞器,,,,, ,在细胞性命活动中起着至关沉要的作用。。。。。。。从前十多年,,,,, ,生物大分子相分离的钻研重要集中于动物和酵母系统,,,,, ,植物相分离蛋白的钻研起步较晚,,,,, ,我们对拥有潜在相分离能力的蛋白知之甚少。。。。。。。

蛋白的固有无序区(Intrinsically disordered region, IDR)又被称为低复杂度结构域(low complexity domain, LCD),,,,, ,通常富含特定的氨基酸残基,,,,, ,例如极性、芳香族和/或带电氨基酸,,,,, ,拥有高度的构象矫捷性,,,,, ,易于提供分子间/分子内多价的弱相互作用,,,,, ,是驱动蛋白相分离的沉要成分。。。。。。。幼分子化合物b-isox(biotinylated isoxazole)能够在低温下形成微晶体,,,,, ,促使LCD蛋白在其表表组装,,,,, ,从而特异富集这些蛋白。。。。。。。

清华大学性命学院方晓峰助理教授和邓海腾教授钻研组合作,,,,, ,首先从拟南芥的幼苗和花组织中的细胞裂解液中鉴定到985个拥有相分离潜力的蛋白,,,,, ,定名为ProX(Proteins enriched by b-isox)(图1A和B)。。。。。。。ProX列表险些席卷了大部门目前植物中已被报路能够相分离的蛋白。。。。。。。为了高效的验证候选蛋白的相分离能力,,,,, ,钻研团队利用酵母系统异源表白ProX中70个RBPs(RNA-binding protein)蛋白,,,,, ,其中67%都能够形成显著的凝聚体,,,,, ,其余的RBPs在热激胁迫下也能形成凝聚体。。。。。。。注明该钻研成立的步骤可能高效地鉴定和验证候选的相分离蛋白。。。。。。。

该钻研进一步鉴定了拟南芥在分歧胁迫处置前提下的相分离蛋白,,,,, ,蕴含渗入胁迫(250 mM山梨糖醇)、盐胁迫(150 mM NaCl)、热胁迫(37°C)和氧化胁迫(10 mM H2O2)的ProX。。。。。。。了局显示,,,,, ,约莫25%的蛋白为各类胁迫前提所特异富集的(图1C)。。。。。。。

除了拟南芥,,,,, ,该钻研还鉴定了其它拥有代表性的7个物种中的相分离蛋白(图1D)。。。。。。。这一方面将为钻研这些物种中相分离的职能钻研提供资源,,,,, ,另一方面有助于从进化角度理解相分离的生物学的意思。。。。。。。这些物种的ProXs多种序列比对分析了局批注,,,,, ,只管IDR的序列差距大,,,,, ,但是在各物种中的存在是守旧的,,,,, ,批注相分离的能力在进化上可能是被正向选择的。。。。。。。

综上所述,,,,, ,该钻研利用大规模、高通量的蛋白质组学技术,,,,, ,同时成立高通量的检验蛋白相分能力的系统,,,,, ,筛选和鉴定了8种植物的相分离蛋白组,,,,, ,为钻研植物中生物大分子相分离的职能奠定基础。。。。。。。

该工作于2022年11月25日在《分子植物》(Molecular Plant)杂志上颁发,,,,, ,题为“半体表大规模鉴定植物中拥有相分离潜力的蛋白”(Large-scale identification of potential phase separation proteins from plants using a cell-free system)。。。。。。。

清华大学性命学院博士后张红红、科研助理彭方玉、2021级博士生何春以及博士后刘岩为本文共同第一作者,,,,, ,性命学院方晓峰助理教授和邓海腾教授为共同通讯作者。。。。。。。该工作得到了国度天然科学基金委和北京市天然科学基金委的经费支持。。。。。。。

图1. (A)基于b-isox鉴定相分离蛋白的流程图。。。。。。。(B)韦恩图显示从拟南芥幼苗和花组织中鉴定到的拥有相分离潜力的蛋白。。。。。。。(C)韦恩图显示从拟南芥在分歧胁迫前提下鉴定到的拥有相分离潜力的蛋白。。。。。。。(D)分歧物种中鉴定得到的拥有相分离潜力的蛋白的情况。。。。。。。Cr代表衣藻;;;;;;;Pp代表幼立碗藓;;;;;;;Os代表水稻;;;;;;;Ta代表幼麦;;;;;;;Zm代表玉米;;;;;;;At代表拟南芥;;;;;;;Br代表白菜;;;;;;;Sl代表番茄。。。。。。。

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